Ces filtres représentent le choix courant de la plupart des aquariophiles. Le principe général de fonctionnement consiste en l’entrée d’eau de l’aquarium par un siphon pour obtenir une filtration en utilisant une ou des masses filtrantes. Le retour d’eau est dirigé à la surface pour son oxygénation.

On retrouve plusieurs types de filtres extérieurs. Leur caractéristique fondamentale doit être de pouvoir filtrer l’eau mécaniquement, biologiquement et chimiquement. Afin d’obtenir le maximum des masses filtrantes installées, il est important de choisir un modèle qui maximise le temps de contact avec les masses filtrantes. Ce temps est facilement évalué quand on observe comment et où le débit est dirigé à l’intérieur du filtre.

Les aquariums d’eau douce ont en général besoin d’un minimum de renouvellement d’eau d’environ 4 fois par heure. Les aquariums d’eau de mer offrent habituellement un meilleur rendement avec des renouvellements d’eau de 7 à 10 fois par heure. On retrouve des exceptions selon les poissons qui vivent dans l’aquarium. En général, il est préférable de choisir un ou des systèmes qui fournissent un peu plus que le minimum de renouvellement. De cette façon, on contribuera à contrebalancer la diminution du débit au fur et à mesure que le système de filtration accumule des débris.