Elle constitue une excellente masse filtrante mécanique. Sa texture poreuse force l’eau qui y pénètre à dévier d’un parcours en ligne droite, maximise le temps de contact, et lui donne une capacité élevée de collecte des débris. Ce phénomène est facilement observé quand on rince la mousse parce que d’importantes quantités de déchets sont relâchées. La filtration mécanique atteint son maximum après environ 10 à 14 jours.

La mousse apporte également son soutien aux bactéries utiles et peut être à la fois une masse filtrante mécanique et biologique, tel qu’il est démontré par les filtres intérieurs, à condition d’effectuer un changement régulier d’eau.